Палдиски (русское название — Балтийский Порт) основан в 20-х годах XVIII века императором Петром I в первую очередь как военный порт для кораблей Балтийского флота. С возникновением поселения была устроена полотняная церковь во имя святого великомученика Георгия Победоносца, где богослужения совершались флотскими священниками. В 1728 году в порту сооружена деревянная церковь. А в 1784-1787 годах по проекту архитектора Иоганна Мора построена новая каменная. В конце XIX века по проекту архитектора А. Эдельсона ее перестроили.
В 1939 году храм закрылся, а его имущество передали в различные церкви Эстонии. В советские годы Палдиски был военным городом, куда попадали только по специальным пропускам. Православная жизнь в городе начала возрождаться лишь в середине 90-х годов XX века.
Православная община в г. Палдиски создана по инициативе группы верующих жителей города в 2001 году и зарегистрирована в государственном регистре летом 2002 года. Первые богослужения совершались в помещении здания Красного Креста настоятелем Ныммеской церкви священником Павлом Поповым. В 2002 году власти города пошли навстречу пожеланиям верующих и передали им небольшой деревянный дом, в котором некогда располагался городской музей.
По благословению митрополита Корнилия и усилиями настоятеля священника Алексия Колосова и прихожан в 2002 году в нем устроен храм во имя великомученика и целителя Пантелеймона.
К празднику Рождества Христова стараниями местных жителей две комнаты были переоборудованы под церковь, и появилась возможность совершать богослужения.
