Православный Покровский приход в Кивиыли организован в 1920 году в деревянном доме, где также размещалась школа, из-за чего на время богослужений приходилось убирать парты.
До 1944 года храм был приписан к Йыхвискому приходу, хотя и имел своего священника — Николая Беляева в 1923 - 1925 гг. и 1932 - 1946 гг. и протоиерея Владимира Быстрякова в 1925 - 1932 гг.
В 1940 году у прихода был отобран деревянный молитвенный дом, и православным верующим пришлось перейти в католический костел. Такая же участь постигла лютеранскую общину.
Со временем католический приход прекратил свое существование, а православные и лютеране совершали богослужения по очереди.
В 1962 году в Покровском храме Кивиыли установлен иконостас из закрытой Александро-Невской церкви города Хаапсалу.
В ночь на 24 июня 1972 года храм был подожжен, но благодаря усилиям настоятеля протоиерея Карпа Тинтса и прихожан в очень короткий срок восстановлен.
12 сентября 1972 года митрополит Алексий (в будущем Патриарх Московский и всея Руси) совершил водосвятный молебен и окропил храм святой водой.
22 июля 1995 года, после ухода лютеран, архиепископ Корнилий совершил освящение храма.
